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GA-PPI-Net Approach vs Analytical Approaches for Community Detection in PPI Networks

Ben M’Barek, M.; Hmida, Hmida; Borgi, Amel; Rukoz, Marta (2021), GA-PPI-Net Approach vs Analytical Approaches for Community Detection in PPI Networks, Procedia Computer Science, 192, p. 903-912. 10.1016/j.procs.2021.08.093

Voir/Ouvrir
GA-PPI-Net.pdf (441.9Kb)
Type
Article accepté pour publication ou publié
Date
2021
Nom de la revue
Procedia Computer Science
Volume
192
Éditeur
Elsevier
Pages
903-912
Identifiant publication
10.1016/j.procs.2021.08.093
Métadonnées
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Auteur(s)
Ben M’Barek, M.
Laboratoire d'analyse et modélisation de systèmes pour l'aide à la décision [LAMSADE]
Hmida, Hmida
Laboratoire d'analyse et modélisation de systèmes pour l'aide à la décision [LAMSADE]
Borgi, Amel
Rukoz, Marta
Laboratoire d'analyse et modélisation de systèmes pour l'aide à la décision [LAMSADE]
Résumé (EN)
Community detection has become an important research direction for data mining in complex networks. It aims to identify topo-logical structures and discover patterns in complex networks, which presents an important problem of great significance. Prediction of communities from Protein-Protein Interaction (PPI) networks is important problem in system biology as they control different cellular functions. These networks represent a set of proteins that collaborate at the same cellular function. With the increment of genome-scale protein–protein interaction data for different species, various computational methods focus on identifying protein community from PPI networks. In this paper, we are interested in evaluating the proposed genetic algorithm GA-PPI-Net and three clustering methods for community detection. In the computational tests carried out in this work, the proposed genetic algorithm achieved excellent results to detect existing or even new communities from PPI networks.
Mots-clés
Community detection; Genetic Algorithm; Clustering; Protein-protein interaction networks; Semantic Similarity

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